No século XVI, os primeiros povoadores das ilhas dos Açores teriam levado consigo alguns exemplares caninos. Entre estes estariam os cães de presa, denominados “Alanos” que teriam tido um papel fundamental no maneio do gado bravio, pois a pecuária desde sempre representou a principal actividade económica daquelas ilhas.

Paralelamente aos povoadores portugueses, as ilhas também foram alvo da colonização e contacto com outros povos, como Flamengos, Ingleses, Franceses, etc. que levaram consigo outras raças de cães como o Mastiff, o Bulldog, entre outros. O cruzamento dessas várias raças teria como resultado o cão de fila de S. Miguel que como o nome indica, tem o seu solar na ilha de S. Miguel. Na Ilha terceira também existe outro cão aparentado, o Fila da ilha Terceira, actualmente considerado extinto, embora com tentativas de recuperação.

Actualmente é uma das raças portuguesas com maior crescimento em termos de efectivos. Na ilha de S. Miguel continua a ser utilizado na sua função de cão boieiro, sendo conhecido como “cão das vacas”.
É um espectáculo observa-lo no seu trabalho de condução do gado leiteiro, mordendo as vacas na zona do jarrete para não as ferir no úbere, ou mordendo mais alto quando é gado tresmalhado, ou então rondando os prados vigiando as manadas. É um cão de temperamento forte e voluntarioso mas de fácil aprendizagem e obediência.
É dócil e amigo do dono mas reservado com estranhos.

No continente além de ser utilizado com cão boieiro, já se utiliza para pastorear cavalos e pequenos ruminantes, mas nestas situações têm que ser bem treinado.
Também começa a ser utilizado nas montarias ao javali, já aparecendo em bom número nalgumas matilhas, pelas forças de segurança (GNR e PSP), guarda de propriedades e defesa pessoal.